Las vellosidades que recubren las paredes del intestino delgado absorben nutrientes hacia los capilares del sistema circulatorio y los conductos quilíferos del sistema linfático. Las vellosidades contienen lechos capilares, así como vasos linfáticos denominados conductos quilíferos. Los ácidos grasos absorbidos del quimo degradado pasan a los conductos quilíferos. Otros nutrientes absorbidos ingresan al torrente sanguíneo a través de los lechos capilares y son captados directamente por el hígado, por medio de la vena hepática, para su procesamiento.
El quimo pasa desde el intestino delgado a través de la válvula ileocecal hacia el ciego del intestino grueso. Todo nutriente remanente y parte del agua son absorbidos a medida que las ondas peristálticas desplazan el quimo hacia el colon ascendente y el colon transverso. Esta deshidratación, combinada con ondas peristálticas, ayuda a compactar el quimo. Los desechos sólidos formados se denominan heces. Estas continúan desplazándose por el colon descendente y el sigmoideo. El intestino grueso almacena temporalmente las heces antes de la eliminación.
El cuerpo expulsa los productos de desecho de la digestión por el recto y el ano. Este proceso, denominado defecación, implica la contracción de los músculos rectales, la relajación del esfínter interno del ano y una contracción inicial del músculo esquelético del esfínter externo del ano. El reflejo defecatorio es, en su mayor parte, involuntario, y depende del sistema nervioso autónomo. Pero el sistema nervioso somático también cumple una función en el control del momento de eliminación.
